《恶魔吹着笛子来》根据日本著名侦探小说家横沟正史的同名小说改编。　　故事从震撼一时的“天银堂事件”开始。银座的天银堂珠宝店来了个叫井口一郎的男人，自称在东京都卫生局工作。他告诉老板这一带有传染病，凡是和客人有接触的店员们，依规定都得喝预防药。谁知喝下此人的药水以后纷纷倒地，男子见状抢夺了一堆珠宝后逃逸。这起事件只有三个幸存者，根据他们提供的嫌疑犯拼图，最大嫌疑人落到了椿英辅子爵（榎木孝明 饰）身上。而子爵的家人却发现他已经失踪好几天。不久子爵的尸体被找到，被判定为自杀。而由他作曲并独奏的遗作——《恶魔吹着笛子来》却像是地狱里的游魂，带着仇怨与诅咒在椿府的夜空飘荡，仿佛要幻化出一个恐怖的恶魔实体。他那忧郁的脸色、儒雅的身影也一次次隐约闪现，令人不寒而栗。恶魔的脚步越来越近，诡异的笛声越来越响，椿家的惨剧一幕接一幕上演，血红的火焰图案成为恶魔的徽章，究竟谁是凶手？

An unknown thief steals an important naval treaty from the office of Mr. Percy Phelps, a Foreign Office clerk. Phelps's distress gives him a brain fever that lasts for nine weeks. As he begins to recover, he writes to his old schoolmate, Dr. Watson, begging him to invite Sherlock Holmes to investigate the matter and find the treaty. Otherwise, his honor and happiness are gone forever. Holmes takes up the case with zest, but gives Phelps no false hopes. The mystery is as dark and tangled as any he has known.

昭和30年，作家横沟正史正在构思一部以童谣为引子的侦探小说，适逢金田一耕助前往小村庄休假，横沟便拜托他顺便收集一些儿歌回来。金田一一踏进村子便听到手毬歌以及年轻人清池歌名雄的歌声，大家正在为红歌星大空由加利——原名别所千惠——的衣锦还乡作准备。爱嚼舌头的村长告诉金田一大空由加利是20年前的嫌疑杀人犯诈欺师恩田与别所的私生女，根据源次郎之妻青池有香的口供，20年前，龟汤旅馆的老板青池源次郎神秘被杀是因为对恩田的诈欺产生了怀疑，现今恩田仍旧下落不明。　　不久，村长被杀。继而先后与歌名雄有过婚约的文子、泰子亦遭到杀害，她们全是恩田的私生女，一切都跟许久以前的手毬歌有关。而目前所听到的手毬歌少了最后一段，金田一判断还有最后一个受害者，而同是私生女的别所千惠最为危险。当得知源次郎当年是名噪一时的无声电影配音员时，金田一开始怀疑当年的案件，死去的人真的是源次郎吗？此时又有一个女子被害了，不过不是别所千惠……